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研究ツール

1.プライマーの縮重度を求める
(生命科学科 岩舘満雄准教授のご指導により作成しました。)

PCRプライマーの設計において重要となる、縮重度(塩基配列の種類)を計算することができます。
  例)5'-AAGCTTRCCBNGAGC-3' というプライマーなら、
   R (A or G), B (G or T or C), N (A or T or G or C)の3つの混合塩基が含まれているので
   場合の数は 2x3x4=24 通り

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2.鋳型配列の中から、プライマー設定に適した場所を探す
(生命科学科 岩舘満雄准教授、佐藤亘君(岩舘研)のご協力により作成していただきました。)

 PCRの鋳型となる配列に対して、n mer分のフラグメントに相当するオリゴヌクレオチドのTm(melting temperature)値を、Wallace法、最近接塩基対法(Nearest Neighbor method)、GC%法の3通りの計算方法で計算し、グラフ表示します。

 ・PCRはプライマーのTm値が高すぎても低すぎてもうまくいきません。
  適切なTm値を示す領域にプライマーを設定することにより、PCRの成功率を高めることができます。
 ・オリゴヌクレオチドの5'側から3'側に向かってTm値が漸増するように設定したプライマーは安定性が高く、
  PCRやダイターミネーター法シーケンシング用プライマーとして、とくに適していると考えられます。
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