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演習問 題1 ・ 演習問 題2 ・ 演習問 題3 ・ 演習問 題4

講義資料(Part 1Part2)


リンク先が、仕様変更になっておいて、扱い方がよくわからないときは・・

課題1や課題2について、リンク先の仕様がかなり変わってしまっており、戸惑う箇所があるかも知れません。検索文字などは、以前は、書き込み欄を別個に選んで、入力するようになっていましたが、現在は、google的に、1つの枠内にキーワードを併記するようになりました。ANDでつなぐ必要もありません。この方法で試してください。英文で少しわかりにくいかも知れませんが。

ヒントです。タンパク質やどんな物質かに関するものは、検索後に出てきたリストの中で、「Comments」などの項目を見たり、そこからリンクされている場所が参考になります。そこから文献情報を入手して、読むと、さらに詳細がわかりますが、これは卒研などが始まってからで結構かと思います。

染色体などに関する情報は、リストの中で、「GeneID」という項目がどこかにあるかと思います。そこからたどり着けるかと思います。英語の表記のみで、なかなか大変ですが、是非、チャレンジして下さい。頑張ってください。

配列の検索が必要な場合、FASTAを使いたい場合など、これもリンク先の様子が変わっていたり、サービス停止のものもあります。今回は、「Entrez gene」や「Entrez protein」からのリンク先で、「BLAST gene」や「BLAST protein」をクリックしてこれらを使ってください。アルゴリズムの違いはありますが、これでほぼ同等の配列からの検索が可能です。上の「BLAST(Japan)」でも同様の検索が可能です。こちらが日本語で分かりやすいかも知れません。

アミノ酸の配列などの検索は・・
BLASTのサイトの中で、protein blastなどが使いやすいかも知れません。出てきたデータの中で、XP_やNP_のAccession番号、ReqSeqの番号がついたものが、一番、明確に素性のわかったタンパク質です。こういったID番号のついた確かなデータをはじめ、見つけてみましょう。どのようなタンパク質か、その詳細がリンク先から入手できます。リンク先から出てくるデータは、膨大なものです。うまく、キーワード設定して(任意です)、うまく絞り込んでみてください。


問合先:上村慎治(中大・理工・生命) Tel/ 03-3817-1652
 http://www.bio.chuo-u.ac.jp/nano/ 
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